Identificazione dello stadio

Virology Journal volume 19, numero articolo: 130 (2022) Citare questo articolo

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Al momento non esistono ancora farmaci terapeutici specifici e vaccini adeguati per la Dengue. Pertanto, è importante esplorare indicatori diagnostici clinici distinti.

In questo studio, abbiamo combinato l'analisi dei geni differenzialmente espressi (DEG), l'analisi della rete di coespressione ponderata (WGCNA) e la curva caratteristica dell'operatore del ricevitore (ROC) per selezionare un biomarcatore stabile e robusto con valore diagnostico per i pazienti con dengue. CIBERSORT è stato utilizzato per valutare il panorama immunitario dei pazienti affetti da dengue. L'arricchimento di Gene Ontology (GO), l'analisi dell'Enciclopedia di geni e genomi di Kyoto (KEGG) e l'analisi di arricchimento del set di geni (GSEA) sono stati applicati per esplorare le potenziali funzioni dei geni hub.

Le cellule CD38 e le plasmacellule hanno un'eccellente area sotto la curva (AUC) nel distinguere gli stadi clinici per i pazienti con dengue, e le cellule T CD4+ con memoria attivata e i monociti hanno una buona AUC per questa funzione. ZNF595 ha un'AUC accettabile nel discriminare la febbre dengue emorragica (DHF) dalla febbre dengue (DF) in interi stadi acuti. Analizzando qualsiasi sierotipo, possiamo ottenere risultati coerenti. L'inibizione negativa della replicazione virale sulla base dei risultati delle analisi GO, KEGG e GSEA, i geni dell'autofagia sovraregolati e il sistema immunitario compromesso sono potenziali ragioni che portano alla DHF.

CD38, plasmacellule, cellule T CD4+ con memoria attivata e monociti possono essere utilizzati per distinguere gli stadi clinici dei pazienti con dengue e ZNF595 può essere utilizzato per discriminare DHF da DF, indipendentemente dai sierotipi.

La dengue è stata elencata dall’Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS) come una delle dieci principali minacce sanitarie globali annunciate all’inizio del 2019 [1]. Negli ultimi decenni, la dengue è diventata la malattia trasmessa dalle zanzare in più rapida crescita nel mondo [2,3,4], mettendo seriamente in pericolo la salute umana [5, 6]. La ricerca e lo sviluppo dei vaccini continuano a fare progressi [7,8,9,10,11,12], ma il potenziamento dipendente dagli anticorpi (ADE) limita l’efficacia dei vaccini [13,14,15,16,17]. Le infezioni asintomatiche aumentano l'incidenza della dengue [16, 18] e non sono stati identificati trattamenti efficaci. Pertanto, è urgente esplorare il meccanismo patogeno della febbre dengue ed eliminare i marcatori molecolari per diagnosi e trattamenti migliori.

L'autofagia, un processo catabolico che degrada i componenti intracellulari danneggiati o anomali per recuperare i nutrienti, è essenziale per il mantenimento dell'omeostasi delle cellule e del corpo [19, 20] e apporta benefici alla proliferazione e all'infezione del virus Dengue (DENV) [21,22,23, 24]. Nell’infezione da DENV-ADE, gli anticorpi cross-reattivi mediano l’infezione inducendo proteine ​​correlate all’autofagia e quindi sopprimono l’immunità innata mediata dalla proteina antivirale dei mitocondri (MAVS) [25]. La risposta immunitaria influenza direttamente o indirettamente la risposta dell'ospite al DENV in vari gradi, inclusa l'infezione sintomatica, l'infezione asintomatica [26, 27], la sindrome da shock dengue (DSS) e la febbre emorragica dengue (DHF) [28,29,30]. Pertanto, è essenziale esplorare l'autofagia e la risposta immunitaria durante l'infezione da DENV.

Le ricerche sulla trascrittomica sono utili per aiutare i ricercatori a comprendere meglio le cause delle malattie [31] e a individuare i biomarcatori [32,33,34]. Le nostre preziose ricerche sulla trascrittomica hanno contribuito a comprendere l’evoluzione virale e il suo impatto sulla patogenicità e sullo sviluppo del vaccino del DENV [35,36,37,38]. Tuttavia, gli studi [39,40,41] pubblicati si sono concentrati su ricerche multigene e su un singolo metodo analitico (analisi dei geni differenzialmente espressi (DEG)) e non hanno collegato la genomica con i paesaggi immunitari. In questo studio, abbiamo utilizzato una combinazione di analisi DEG, analisi della rete di coespressione ponderata (WGCNA) e curva caratteristica dell'operatore ricevente (ROC) per identificare, convalidare e testare biomarcatori con valore diagnostico di stadi e gravità in set di dati indipendenti e abbiamo applicato il metodo Sito web CIBERSORT per analizzare le differenze del panorama immunitario tra tre stadi e tra DHF e febbre dengue (DF) ed esplorare le correlazioni tra geni e cellule immunitarie.