Analisi filogenetica dei geni HA e NA dei virus dell'influenza A in pazienti immunodepressi a Pechino nel 2018

Virology Journal volume 20, numero articolo: 101 (2023) Citare questo articolo

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I virus dell'influenza A hanno subito una rapida evoluzione con virulenza; tuttavia, i dati completi ed esaurienti sull’evoluzione genetica e sulla variazione degli aminoacidi di HA e NA nei pazienti immunodepressi erano pochi. In questo studio, abbiamo analizzato l'epidemiologia molecolare e l'evoluzione dei virus dell'influenza A nella popolazione immunodepressa e la popolazione immunocompetente è stata utilizzata come controllo.

Sequenze complete di HA e NA di A(H1N1)pdm09 e A(H3N2) sono state acquisite attraverso la reazione a catena della polimerasi a trascrizione inversa (RT-PCR). I geni HA e NA sono stati sequenziati utilizzando il metodo Sanger e analizzati filogeneticamente utilizzando ClustalW 2.10 e il software MEGA versione 11.0.

Durante la stagione influenzale 2018-2020, sono stati arruolati 54 pazienti immunodepressi e 46 immunocompetenti risultati positivi allo screening per il virus dell’influenza A utilizzando la PCR quantitativa in tempo reale (qRT-PCR). 27 campioni di tampone nasale o liquido di lavaggio broncoalveolare immunodepressi e 23 immunocompetenti sono stati selezionati casualmente e sequenziati utilizzando il metodo Sanger. A(H1N1)pdm09 è stato rilevato in 15 campioni e i rimanenti 35 campioni erano positivi per A(H3N2). Analizzando le sequenze dei geni HA e NA di questi ceppi virali, abbiamo scoperto che tutti i virus A(H1N1)pdm09 condividevano elevate somiglianze tra loro e che i geni HA e NA di questi virus appartenevano esclusivamente alla sotto clade 6B.1A.1. Alcuni geni NA dei virus A(H3N2) non erano nello stesso clade di quelli di A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 e A/Kansas/14/2017, il che potrebbe aver portato A(H3N2) a essere il virus dominante ceppo nella stagione influenzale 2019-2020. Entrambi i virus A(H1N1)pdm09 e A(H3N2) hanno mostrato modelli di lignaggi evolutivi simili di HA e NA tra pazienti immunodepressi e immunocompetenti. Rispetto ai ceppi vaccinali, non è stata rilevata alcuna significatività statistica dei geni HA e NA e delle sequenze aminoacidiche dei virus dell'influenza A nei pazienti immunodepressi e immunocompetenti. Tuttavia, nei pazienti immunodepressi è stata osservata la sostituzione di resistenza all'oseltamivir con NA-H275Y e R292K.

I virus A(H1N1)pdm09 e A(H3N2) hanno mostrato modelli di lignaggi evolutivi simili di HA e NA tra pazienti immunodepressi e immunocompetenti. Sia i pazienti immunocompetenti che quelli immunodepressi presentano alcune sostituzioni chiave, che dovrebbero essere monitorate, in particolare quelle che potrebbero influenzare l'antigene virale.

I virus dell’influenza includono A, B, C e D e tra questi quattro tipi, il tipo A è il più contagioso e può persino causare una pandemia pericolosa per la vita [1]. A (H1N1) pdm09 e H3N2 sono attualmente i principali ceppi circolanti del virus dell'influenza A. Il gene dell’emoagglutinina (HA) presenta la mutazione più rapida degli otto geni presenti nei virus dell’influenza A, seguito dal gene della neuraminidasi (NA) [2]. I principali meccanismi di variazione del virus dell’influenza A sono la deriva antigenica e i riassortimenti genetici [3]. Precedenti studi hanno dimostrato che l’influenza A(H1N1)pdm09 derivava da diversi virus dell’influenza suina e si trasmetteva all’uomo nei mesi precedenti l’epidemia [4, 5]. Il monitoraggio attivo del virus dell’influenza a livello molecolare può aiutare a comprendere l’evoluzione del virus dell’influenza e selezionare ceppi vaccinali migliori [6, 7].

La precedente letteratura e sorveglianza dei Centri per il controllo e la prevenzione delle malattie (CDC) dell’influenza a livello molecolare proveniva principalmente da pazienti immunocompetenti [8, 9]. Con il progresso della tecnologia medica, i pazienti immunodepressi che sono stati sottoposti a trapianto di cellule staminali emopoietiche (HSCT) o trapianto di organi solidi (SOT), i pazienti in emodialisi cronica e i pazienti che ricevono corticosteroidi sistemici, immunosoppressori e reagenti biologici sono aumentati ogni anno [10, 11,12]. I pazienti immunodepressi rappresentavano il 10,3% dello studio trasversale multicentrico globale su 35.348 pazienti adulti con influenza pubblicato nel 2020 [13]. Mancano dati completi ed esaurienti sull'evoluzione del gene dell'influenza e sulla variazione degli aminoacidi di HA e NA nei pazienti immunodepressi e non è chiaro se differiscano dai pazienti con pazienti immunocompetenti.