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Abbiamo isolato 5 virus dell'influenza aviaria A (H5N1) ad alta patogenicità clade 2.3.4.4.b dalle feci di uccelli acquatici selvatici in Corea del Sud nel novembre 2022. Il sequenziamento dell'intero genoma e l'analisi filogenetica hanno rivelato nuovi genotipi prodotti dal riassortimento con virus dell'influenza aviaria eurasiatica a bassa patogenicità. Sarà necessaria una sorveglianza rafforzata per migliorare le strategie di prevenzione e controllo.

I virus dell’influenza aviaria ad alta patogenicità (HPAIV) hanno causato gravi perdite economiche nel settore del pollame e rappresentano una grave minaccia per la salute pubblica. Dal primo rilevamento di HPAIV A (H5N1) in un'oca nel 1996 nel Guangdong, in Cina, i suoi discendenti si sono evoluti in più cladi e sottocladi gene-specifici dell'emoagglutinina (HA) (H0–H9) e sottocladi (1) causando epizoozie intercontinentali (2) . Nel corso di diversi decenni, gli HPAIV H5 si sono evoluti in molteplici sottotipi e genotipi generati dal riassortimento con virus dell'influenza aviaria a bassa patogenicità (LPAIV), che hanno portato alla comparsa del clade 2.3.4.4 H5Nx HPAIV nella Cina orientale durante il 2013-2014 (3).

A metà del 2016, gli HPAIV del clade 2.3.4.4b H5N8 riassortiti che contenevano geni interni di LPAIV dell'Eurasia sono stati rilevati negli uccelli selvatici nel lago Uvs-Nuur in Russia e nel lago Qinghai in Cina (4); i virus hanno causato grandi epidemie in Europa nel periodo 2016-2017 (5). Successivamente, in Eurasia sono stati rilevati vari nuovi HPAIV H5N8 riassortiti (5,6). Alla fine del 2020, sono stati rilevati nuovi HPAIV H5N1 del clade riassortante 2.3.4.4b, diventati predominanti in Europa nel pollame e negli uccelli selvatici (5).

Abbiamo isolato 5 HPAIV H5N1 dalle feci di uccelli selvatici raccolti in Corea del Sud nel novembre 2022 (Appendice 1): A/Spot-billed_duck/Korea/K22-730-1/2022(H5N1) [K22-730-1], A/Wild_bird /Corea/K22-742/2022(H5N1) [K22-742], A/Fatturato_duck/Corea/K22-856-2/2022(H5N1) [K22-856-2], A/Fatturato_duck/Corea /K22-862-1/2022(H5N1) [K22-862-1] e A/Spot-billed_duck/Corea/K22-920/2022(H5N1) [K22-920] (Appendice 1, Tabella 1). Per condividere rapidamente le informazioni, abbiamo condotto il sequenziamento dell'intero genoma degli isolati e depositato le sequenze del genoma nel database GISAID (https://www.gisaid.org).

Tutti gli isolati H5N1 sono stati classificati come HPAIV sulla base delle sequenze aminoacidiche del sito di clivaggio dell'HA (PLRPKRRKR/G). I 5 isolati condividevano identità di sequenze nucleotidiche elevate (da 99,4% a ≈100%) in tutti gli 8 geni dell'influenza, ad eccezione dell'isolato K22-920 della proteina basica della polimerasi 1 (PB1), della proteina acida della polimerasi (PA), della nucleoproteina (NP) e geni non strutturali (NS) (da 93,0% a ≈99,0%). I risultati della ricerca BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov) hanno mostrato che i geni HA, neuraminidasi e proteina della matrice (M) di tutti gli isolati avevano identità >99,1% con gli HPAIV del clade 2.3.4.4b 2021-2022 (Tabella 1). I geni PB1, PA, NP e NS di tutti gli isolati erano molto simili (98,72%–99,52%) agli LPAIV 2019–2022 dell'Asia orientale. I geni PB1, PA, NP e NS di K22-920 erano simili agli LPAIV 2019-2020 di Corea del Sud, Russia e Bangladesh (>98,4%-99,3%).

Figura 1

Figura 1. Analisi filogenetica di nuovi virus dell'influenza aviaria altamente patogena del clade 2.3.4.4b trovati nelle feci di uccelli selvatici in Corea del Sud, novembre 2022. A) Rappresentazione schematica dell'origine degli isolati virali...

Nelle analisi filogenetiche di massima probabilità, i geni PB2, HA, neuraminidasi e M dei 5 virus H5N1 della Corea del Sud sono stati raggruppati con quelli dei virus precedentemente descritti come genotipo G10, identificati in Cina nel periodo 2022-2023 (Appendice 1, Figure 1-8) ; G10 è un riassortimento naturale H5N1 HPAIV contenente il gene PB2 degli LPAIV (7). Geni PB1, PA, NP e NS di tutti i virus H5N1 della Corea del Sud eccetto K22-920 raggruppati con quelli dei LPAIV dell'Asia; quei segmenti genetici in K22-920 si raggruppavano separatamente con altri LPAIV provenienti dall'Asia, tra cui Corea del Sud, Russia e Bangladesh (Appendice 1 Figure 2, 3, 5, 8). La filogenesi bayesiana del gene HA indicava che i virus H5N1 provenienti dalla Corea del Sud formavano un cluster ben supportato; il tempo fino all'antenato comune più recente è stato stimato essere l'11 agosto 2022 (densità posteriore più alta del 95% dall'11 giugno all'11 ottobre 2022), suggerendo che gli HPAIV H5N1 molto probabilmente sono emersi 1-2 mesi prima della migrazione autunnale degli uccelli selvatici verso la Corea del Sud (Figura 1; Appendice 1 Figura 9). Gli isolati provenienti dalla Corea del Sud condividevano una recente ascendenza comune con il virus A/Jiangsu/NJ210/2023(H5N1); il tempo necessario per raggiungere l'antenato comune più recente tra loro è stato il 12 aprile 2022 (densità posteriore più alta del 95%: 26 dicembre 2021-28 luglio 2022), suggerendo che gli HPAIV H5N1 ancestrali circolavano inosservati per ≈7 mesi.